En diciembre de 1963 Golda Meir , entonces Ministra de Relaciones Exteriores de Israel , se reunió con Jomo Kenyatta . En ese viaje Meir y Kenyatta pusieron la primera piedra de la Embajada de Israel en Nairobi. El país medioriental accedió a entrenar a los kenianos en agricultura y medicina gracias a un programa estatal llamado MASHAV que pagó los gastos para que los estudiantes de Kenia fueran trasladados a Israel para su formación.
En 1973 las relaciones diplomáticas se rompieron tras la Guerra de Yom Kipur y las presiones árabes subsiguientes . Los lazos diplomáticos fueron discutidos en 1987 por el Primer Ministro Yitzhak Shamir , y fueron re-iniciados en 1988. En 1989, el entonces Ministro de Relaciones Exteriores ,Moshe Arens, visitó Kenia para firmar un pacto de cooperación. El proyecto de riego Kibuezi en 1991 fue un esfuerzo conjunto entre técnicos de los dos países. En 1996 se terminaron de preparar para su cultivo 40 hectáreas de la granja experimental de riego ubicada en la meseta de Yatta .
Durante los ataques terroristas de Mombasa en 2002 los perpetradores atacaron el Hotel Paradise de propiedad israelí. Quince personas murieron, tres de ellos israelíes, cuando un coche bomba explotó fuera del vestíbulo del hotel. También dispararon dos cohetes tierra-aire contra un avión de pasajeros de la aerolínea El-Al, que había despegado justo al lado del aeropuerto internacional Moi en Mombasa con 264 pasajeros a bordo. Entonces el gobierno medioriental evacuó a sus ciudadanos de Kenia.
En 2003, Kenya solicitó la ayuda de Israel en el desarrollo de una estrategia nacional en el campo de la energía solar . El Ministro de Carreteras, Obras Públicas y Vivienda Raila Odinga comunicó que «Israel tiene un Comité de Energía Solar que se ocupa de la creación de unidades energetico solares en todo el mundo y necesitamos su ayuda en la creación de estos puestos en Kenia.» Al hablar durante una audiencia con el nuevo embajador israelí acreditado en Kenia, Emmanuel Seri , Raila también reiteró la necesidad de mejorar los vínculos económicos existentes entre los dos países y pidió a Israel que proporcione más ayuda al desarrollo y proyectos para asesorar a Kenia en la elaboración y ejecutabilidad de un sistema nacional eficaz de gestión de desastres. Seri expresó al ministro keniano que su gobierno tiene la intención de mejorar los lazos económicos existentes, aclarando que los políticos israelíes quieren mejorar las relaciones comerciales con Kenia para que más kenianos puedan visitar el país medioriental y beneficiarse de la cooperación binacional.
En 2006, Israel envió un equipo de búsqueda y rescate a Kenia cuando un edificio se derrumbó. La unidad especial contra desastres y el equipo médico de ochenta personas fueron de Tel Aviv a Nairobi, donde las victimas estaban atrapadas entre los escombros de un edificio de varios pisos que se derrumbó. Después de la elección presidencial celebrada en el país africano en 2007 hubo disturbios, y el gobierno israelí prestó su ayuda a los damnificados kenianos con la donación de medicamentos y material de ensenanza.
Africa-Israel relations. 